貫通穴を空けるデメリットはありますか?

通常のネジに貫通穴をあける工数が発生しますので、作業時間かつコストの面でデメリットが存在します。また繊維状の金属組織の流れと呼ばれるファイバーフローを切断することになりますので、強度不足が生じてしまう可能性があります。